O Pantanal é resultado da separação do oceano há milhões de anos. Animais que estão presentes no mar também existem no pantanal, formando o que se pode chamar de mar interior. A área alagada do pantanal se deve a lentidão de drenagem das águas que fluem lentamente.
A vegetação não é homogênea e há um padrão diferente de flora de acordo com o solo e a altitude. Nas partes mais baixas, predominam as gramíneas, que são áreas de pastagens naturais para o gado, a pecuária é a principal atividade econômica do local.
A vegetação no cerrado, com árvores de porte médio e plantas rasteiras, aparece nas alturas médias. Poucos metros acima das áreas inundáveis, ficam os capões de mato, com árvores maiores como aroeira, angico e ipê.
A fauna do Pantanal provavelmente seja a mais rica do planeta. Há mais de 600 espécies de aves. A maravilhosa arara azul grande, uma espécie ameaçada de extinção. O tuiuiú é considerada a ave símbolo do Pantanal.